個人簡介

2002-2013，北京林業(yè)大學，生物技術系學士，森林培育系博士

2010-2014，美國耶魯大學，分子和細胞發(fā)育系，聯(lián)合培養(yǎng)博士，博士后

2014-2016，美國加州大學戴維斯分校，博士后

2016-2022，南方科技大學，生物系，研究副教授

2021-至今，北京大學現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院，研究員

主要研究領域

一、作物再生過程中細胞全能性的獲得和再生細胞分化發(fā)育的命運決定機制

        植物的細胞全能性獲得和再次分化是細胞生物學最有價值的科學問題之一，也是大多數(shù)作物轉基因技術實施的基礎發(fā)育過程。對作物愈傷組織發(fā)育的研究往往受限于傳統(tǒng)研究手段，特別是對細胞異質(zhì)性的研究缺乏理想的研究技術。本課題組利用單細胞轉錄組和空間轉錄組等技術，檢測作物再生過程中各類型細胞的基因表達、染色體開放區(qū)域，鑒定新的細胞類型特征基因，對細胞發(fā)育進行擬時序分析，建立基因調(diào)控網(wǎng)絡并進行驗證，為現(xiàn)在農(nóng)業(yè)分子育種和深度發(fā)掘重要農(nóng)藝性狀的調(diào)控機制提供了前所未有的契機。

二、作物轉基因引起的小RNA干擾和基因沉默機制

       植物基因編碼區(qū)產(chǎn)生的小干擾RNA（small interfering RNA，siRNA）能夠誘導基因沉默，具有重要的植物發(fā)育調(diào)節(jié)和脅迫響應功能。siRNA是小RNA干擾技術的主效因子，其也會造成轉基因應用中不可控的基因沉默，嚴重影響了現(xiàn)代作物分子育種的生產(chǎn)應用。然而，科學界對植物基因編碼區(qū)siRNA產(chǎn)生機制的研究非常有限，主要的原因是植物基因編碼區(qū)產(chǎn)生的siRNA較少，難以發(fā)現(xiàn)誘導多個植物基因產(chǎn)生siRNA的條件或遺傳材料。因此，該領域的科學研究空白亟待探索。本課題組的研究旨在解決農(nóng)作物轉基因技術容易出現(xiàn)基因沉默，導致大量目標基因降解無法實現(xiàn)分子育種應用的突出問題。研究植物基因編碼區(qū)siRNA產(chǎn)生機制，拓展對小干擾RNA的認知，加強對基因沉默發(fā)生機制的理解，為開發(fā)高效的RNA干擾技術和調(diào)控轉基因中的基因沉默提供新的原理和方法。

三、作物中單細胞和空間轉錄組以及三代單分子測序技術的開發(fā)優(yōu)化和應用

       近年來，單細胞轉錄組學、空間轉錄組學以及三代測序技術等逐漸興起，但由于成本高、操作難度大以及作物本身的復雜性等缺點仍需完善。本課題組在公共技術平臺建設的基礎上，對作物的單細胞和空間轉錄組測序技術進行開發(fā)和優(yōu)化，同時和多個國際領先的生物技術公司以及多個課題組展開交流合作，并在作物轉錄后基因沉默機制的細胞特異性表達和功能上取得了顯著的前期實驗成果。本課題組也在基于作物的ONT三代單分子超長DNA片段測序的方法進行改良和優(yōu)化，為作物基因組復雜重復區(qū)域的解析與高質(zhì)量基因組組裝提供了解決方案，推進了作物現(xiàn)代分子育種和優(yōu)良性狀改良的進程。

發(fā)表論文

1.  Song X, Guo P, Wang M, Chen L, Zhang J, Xu M, Liu N, Liu M, Fang L, Xu X, Gu Y, Xia K and Li B. 2023. Spatial transcriptomic atlas of shoot organogenesis in tomato callus. bioRxiv, pp.2023-02.

2.  Wu H *, Li Bosheng *, Iwakawa HO, Pan Y, Tang X, Ling-hu Q, Liu Y, Sheng S, Feng L, Zhang H, Zhang X. Plant 22-nt siRNAs mediate translational repression and stress adaptation. Nature. 2020 581(7806):89-93. (一區(qū)，影響因子50，引用42)

3.  Li Bosheng*, Wu H*, Guo H. Plant mRNA decay: extended roles and potential determinants. Current opinion in plant biology. 2018 45:178-84. （一區(qū)，影響因子8）

4.  Li Yang *, Bosheng Li *, X. Z , J. L, G. H, X. D, C. A and Deng XW. Salicylic acid biosynthesis is enhanced and contributes to increased biotrophic pathogen resistance in Arabidopsis hybrids.  Nature Communications, 2015 6:7309, *equal contributions （一區(qū)，影響因子11.47 引用次數(shù) 81）

5.  Chen F*, Li Bosheng*, D. C. JB, Shi X, Deng XW. Photoreceptor partner FHY1 has an independent role in gene modulation and plant development under far-red light. PNAS. 2014 111(32):11888-93.35 (* equal contribution).（一區(qū) 影響因子11）

6.  Chen F*, Li Bosheng*, D. C. JB, Shi X, Deng XW. Arabidopsis Phytochrome A Directly Targets Numerous Promoters for Individualized Modulation of Genes in a Wide Range of Pathways. The Plant Cell. 2014 16;26(5):1981-1991. 35 (* equal contribution). （一區(qū)，影響因子9.34 引用次數(shù) 47）

7.  Jin D*, Li Bosheng*, Deng XW, Wei N. Plant COP9 Signalosome subunit 5, CSN5. Plant Sci. 2014 : 224:54-61. 35 (* equal contribution). (二區(qū)，影響因子3.9 引用次數(shù)11)

8.  Li Bosheng, D. H, Li J, Deng XW, Yin Weilun, Xia Xinli . Global identification of miRNAs and targets in P. euphratica under salt stress. Plant Molecular Biology 2013 81: 525-539. （二區(qū) 影響因子4.25 引用次數(shù) 98）

9.  O. X*,J.L*, G. L*, Li Bosheng*, Chen B, Shen H, Huang X, Mo X, Wan X, Lin R, Li S, Wang H and Deng XW. Genome-Wide Binding Site Analysis of FAR-RED ELONGATED HYPOCOTYL3 Reveals Its Novel Function in Arabidopsis Development. The Plant Cell. 2011 Jul;23(7):2514-35 (* equal contribution).  （一區(qū) 影響因子9.34 引用次數(shù) 98）

10. Li Bosheng, Q. Y, D. H, Yin Weilun, Xia Xinli Genome-wide characterization of new and drought stress responsive microRNAs in Populus euphratica. Journal of Experimental Botany 2011 Jul;62(11):3765-79. （一區(qū)，影響因子7 引用次數(shù) 270）

11. Li Bosheng, W. Yin, and X. Xia, Identification of microRNAs and their targets from Populus euphratica. BBRC 2009, 388272-7. （三區(qū) 影響因子2.3 引用次數(shù) 49）