2022年6月24日，北京大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)學(xué)院鄧興旺實(shí)驗(yàn)室何航團(tuán)隊(duì)、隆平高科楊遠(yuǎn)柱團(tuán)隊(duì)與廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院水稻研究所周德貴副研究員在Plant Biotechnology Journal期刊在線發(fā)表了研究論文“The telomere-to-telomere gap-free genome of four rice parents reveals SV and PAV patterns in hybrid rice breeding”，該研究利用HiFi和Ultra-long測(cè)序結(jié)合的組裝策略，完成了湘陵628S、晶4155S、隆科638S與華占4個(gè)雜交水稻骨干親本無(wú)缺口參考基因組組裝，結(jié)合其余六個(gè)已發(fā)表的雜交水稻親本基因組，系統(tǒng)分析了結(jié)構(gòu)變異在雜交育種過程中的分布和影響，發(fā)現(xiàn)結(jié)構(gòu)變異在F1功能基因及轉(zhuǎn)錄雜種優(yōu)勢(shì)起著重要作用。該研究展示雜種優(yōu)勢(shì)和雜交育種研究已進(jìn)入無(wú)缺口參考基因組水平。

1. 四個(gè)兩系雜交水稻骨干親本無(wú)缺口參考基因組構(gòu)建

湘陵628S（XL628S）、隆科638S（LK638S）、晶4155S（J4155S）是隆平高科自主培育的骨干兩系不育系，華占（HZ）是中國(guó)水稻所與廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院水稻研究所共同培育的優(yōu)秀的兩系和三系骨干恢復(fù)系，與另一個(gè)廣泛推廣的恢復(fù)系五山絲苗(WSSM，R534)屬于同一家系（圖1A），隆平高科利用隆科638S、晶4155S和華占選配的超級(jí)稻品種隆兩優(yōu)華占和晶兩優(yōu)華占連續(xù)三年蟬聯(lián)我國(guó)雜交水稻品種推廣面積前三位，選配的隆兩優(yōu)534、晶兩優(yōu)534連續(xù)多年列我國(guó)雜交水稻品種推廣面積前十位。利用PacBio(HiFi)和Nanopore(Ultra-long)平臺(tái)進(jìn)行三代測(cè)序后構(gòu)建基因組，并通過新的組裝方法獲得無(wú)缺口基因組（圖1B）。通過對(duì)基因組進(jìn)行準(zhǔn)確性、完整性、連續(xù)性的評(píng)估，二代測(cè)序比對(duì)率為98.83%~99.66%，覆蓋度大于99.97%。BUSCO值為98.7%~98.9%，LAI值為24.02~24.89。每個(gè)基因組上都有著絲粒區(qū)和20到22個(gè)端粒，證明了基因組組裝的高質(zhì)量（圖1C）。湘陵628S、隆科638S、晶4155S和華占無(wú)缺口參考基因組的構(gòu)建，為其功能基因組研究和下一步分子設(shè)計(jì)育種研究奠定了基礎(chǔ)。

2.秈稻基因組結(jié)構(gòu)變異在雜交水稻培育中的應(yīng)用

     基于對(duì)以上四個(gè)雜交水稻骨干親本以及已發(fā)表的珍汕97(ZS97)、明恢63(MH63)、蜀恢498(R498)、五山絲苗(WSSM)、Y58S、9311的基因組，與日本晴(MSU)進(jìn)行基因組比對(duì)，鑒定出不同水稻親本之間的結(jié)構(gòu)變異。在日本晴和10個(gè)秈稻基因組之間鑒定出422,858-526,481個(gè)INDEL和56,817個(gè)非冗余的SV，包括52,943個(gè)PAV（圖1D）。在10個(gè)秈稻基因組中，共有2182個(gè)功能基因受到PAV的影響，其中565個(gè)為秈粳稻之間PAV，包括OsLBD37,SaM,OsMFT1,OsF3H，其余為秈稻內(nèi)部PAV基因，而其中70個(gè)為某一秈稻基因組特有PAV基因，這部分基因可能是該雜交組合表現(xiàn)優(yōu)異的重要原因。

     本研究收集的10個(gè)秈稻骨干親本具有典型的代表性，包括2010年前栽培面積最大的著名雜交稻組合SY63(ZS97A/MH63)；2012-2016年推廣面積最大的超級(jí)雜交稻品種Y兩優(yōu)1號(hào)（Y58S/93-11）；2018-2020年中國(guó)推廣面積前三位的綠色超級(jí)雜交稻組合晶兩優(yōu)華占（J4155S/HZ），隆兩優(yōu)華占（LK638S/HZ）和晶兩優(yōu)534（J4155S/WSSM），以及推廣面積前十位的隆兩優(yōu)534（LK638S/WSSM）。分別有593-738個(gè)雙親互補(bǔ)PAV基因發(fā)生在6個(gè)組合中，其中只有46個(gè)基因被所有組合共同利用，三個(gè)時(shí)期的雜交組合中利用的互補(bǔ)基因存在顯著差異（圖1E）。轉(zhuǎn)錄水平雜種優(yōu)勢(shì)基因也在互補(bǔ)基因中顯著富集（圖1F,G）。本研究原始數(shù)據(jù)與基因組及變異相關(guān)數(shù)據(jù)均在國(guó)家基因組科學(xué)數(shù)據(jù)中心PRJCA008812 (BioProject)和Github (https://github.com/yilinZhang-bio/Four-rice-gap-free-genome) 公布。

圖1四個(gè)雜交水稻親本無(wú)缺口基因組及雜交育種中的PAVs

     北京大學(xué)博士生張宜林、隆平高科傅軍、王凱博士、北京大學(xué)博士后韓雪為論文共同第一作者，北京大學(xué)何航研究員、隆平高科楊遠(yuǎn)柱研究員與廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院水稻研究所周德貴副研究員為論文共同通訊作者。北京大學(xué)現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院鄧興旺教授等對(duì)本研究提供了支持。本研究得到國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃項(xiàng)目、湖南省科技創(chuàng)新計(jì)劃等重大項(xiàng)目的支持。